纽约的地下铁分1、2、3、4、5、6、7、9、A、B、C、D、E、F、G、J、L、M、N、Q、R、S、V、W、Z等线，还有快车（Express）及慢车（Local）之分，高峰时间会有些站不停。纽约人将地下铁简化成三大系统：IRT(Interborough Rapid Transit)、IND(INDependent Subway)、BMT(Brooklyn Manhattan Transit)。IRT线由于规格上和IND以及BMT不同(所容纳的车厢比较小)，无法与IND或BMT相连，而IND与BMT早已相通，因此在路线上IRT是以数字表示，IND与BMT系统则是以英文大写字母来表示。
纽约大部分的地铁站都设有售票处，售票处有免费的地铁图供乘客取阅，曼哈顿中城宾州火车站问讯处提供的免费地铁图使用英文、法文、中文等9种文字进行说明。在纽约市区内的各个旅游问讯处，还提供一种折叠起来就像一张地铁卡那么大的地铁图，这种小地铁图有时候也可以在当地的银行里面免费取得。通常慢车是画黑色点的停靠站，快车车次比较多，会以白点显示。也有些列车在某些地方是慢车，某些地方会变成快车。节假日时地铁的线路和快慢车会做相应的调整，一定要注意广播的通知和车站内的通知，以免坐错车。
地铁站入口会标示路线与站名，以及方向。纽约地铁同一站不同向的站入口是分开的，如果有相通，就会在入口标示，进入车站一定要辨清方向。站内有马赛克瓷砖拼的站名，有些特别的大站会有缩写标志，如Ｔ代表时代广场站(Times Square)；U代表联合广场（Union Square）；Lex代表莱辛顿大道(Lexington Avenue)；有些站的特色鲜明干脆用图案代替缩写，如中央车站就是个火车头，南码头站用帆船浮雕代表。很多车站内还有精美的壁画和张扬个性的艺术品。
一般来说，在繁忙时间地铁每3—5分钟发车一次，白天10—12分钟发车一次，半夜至清晨五点每20分钟发车一次。如果在非繁忙时间搭乘地铁，特别是中午左右和夜间，可以在候车区寻找一个通常是从天花板垂下来的黄色标志，售票员就能看到等车的情形。即使不是在繁忙时期搭车，也最好尽量和其他乘客一起搭车，或乘坐在列车长值勤的车厢里。通常在整列车中间的部位，可以看到一个黄色牌子，挂在天花板上，上面有列车长的图象，并且上面写著"During off-hours trains stop here"，这个位子就是中间的车厢。尽量不要乘坐在乘客稀少的车厢，以免给不法之徒留下可乘之机。
目前地铁使用的车票有两种。一种是硬币式车票(Token)，每枚2美元，在地铁车站有售。另一种是卡式车票，也叫“捷运卡(Metrocard)”，凡使用捷运卡搭乘地下铁或公交车的乘客，可以在两小时之内免费互相转车。在纽约无论乘搭那一条路线的地铁，只要不出车站，所有的地铁车任你转，不用另外收费。另外要注意的是，售票亭的售票员谢绝接受面额超过二十元的钞票。
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